創建の地である奥宮が洪水で流損したため、天喜三年（一○五五年）現在の地に本宮が移されました。以来、文久三年（一八六三年）までに三十六回余の御造替（ごぞうたい）が行われ、大正十一年には国費をもって大修理が行われました。現在の本宮は平成の御造営事業により、基礎からすべてを一新し建て替えられたものです。社殿前の石垣からこんこんと溢れる御神水は貴船山の湧き水で、霊泉に浮かべると文字が浮かぶ「水占みくじ」が有名です。
貴船神社の中社として、縁結びで有名な社です。御祭神は磐長姫命（いわながひめのみこと）で神武天皇の曽祖父にあたる瓊々杵命（ににぎのみこと）が木花開耶姫（このはなさくやひめのみこと）をめとりたいとその父親に申し出た時、父は姉の磐長姫もともに勧めましたが、瓊々杵命は木花開耶姫だけを望まれました。そのため磐長姫は大いに恥じて「吾ここに留まりて人々の良縁を授けよう」と御鎮座された伝承が残っています。また平安時代、女流歌人であった和泉式部が夫の心変わりに思い悩んだ際に参拝し、歌を捧げた祈ったところその願いが見事に叶い、以来「恋の宮」と称されました。
貴船神社創建の地であり、森に囲まれた神聖な場所です。御鎮座伝説に伝わる玉依姫命（たまよりひめのみこと）が乗った黃船は、人目に触れぬように石で包み囲んだと伝えられ、今も苔むして奥宮本殿の側に祀られています。 本殿の真下には「龍穴（りゅうけつ）」と言われる大きな穴が空いており、その上に社が創建されました。龍穴は人目を忌むべき神聖なものから、誰も見ることが許されておらず、貴船神社の龍穴は日本三大龍穴のひとつとされています。
